Обитель была основана преподобным Арсением Комельским в 1538 году.
Он пришёл в северные края, оставив послушание игумена Троице-Сергиева монастыря.
Арсениево-Комельский монастырь был закрыт в 20-е годы прошлого века.
К сожалению, из монастырских построек до нашего времени сохранились только два здания, одно из которых – игуменский настоятельский корпус, построенный в 50-х годах XIX столетия в стиле провинциального классицизма.
С 1936 года в здании располагалась совхозная средняя школа.
Архитектурный облик здания был нарушен пристройкой, возведённой в 1970-е годы.
Несколько лет назад школа была закрыта.

В сентябре 2019 года Арсениево-Комельский Ризоположенский монастырь п. Бушуиха Грязовецкого района Указом митрополита Вологодского и Кирилловского Игнатия был включён в состав Свято-Троицкого Павло-Обнорского мужского монастыря. Игумену Свято-Троицкого Павло-Обнорского мужского монастыря было благословлено окормлять прихожан приписанного Арсениево-Комельского Ризоположенского монастыря с еженедельным совершением Божественной литургии, а также провести каноническое обустройство храма с целью скорейшего начала молитвенной жизни.

На сегодняшний день восстанавливаемый монастырь имеет статус Архиерейского подворья.