Божественную литургию возглавил митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий, ректор духовной семинарии. Ему сослужили: настоятель собора, проректор семинарии по регентскому и катехизаторскому отделениям протоиерей Алексий Ольховников; первый проректор протоиерей Александр Юшкин; клирик собора иерей Андрей Фомин; руководитель Службы протокола Вологодской епархии иерей Алексей Булеков; проректор по развитию Вологодской духовной семинарии иерей Александр Бородовицын; ключарь собора иерей Сергий Зяблицкий; секретарь главы Вологодской митрополии иеромонах Даниил (Дурягин); старший помощник проректора по воспитательной работе иеромонах Ферапонт (Широков); секретарь ректора иеромонах Алексий (Скворцов).
Накануне вечером в нижнем храме кафедрального собора протоиерей Алексий Ольховников в сослужении клириков собора совершил всенощное бдение.
Песнопения всенощного бдения и Божественной литургии исполнил Архиерейский хор кафедрального собора под управлением регента Анны Павловны Бурдиной.
Проповедь перед причастием произнес иерей Андрей Фомин.
После Божественной литургии был совершен чин великого освящения воды. По окончании богослужения митрополит Игнатий обратился к верующим и поздравил их с праздником в честь Богоявления, отметив, что «стоит стремиться быть настоящим христианином, вспоминать о Доме Божием – Церкви не только в праздники и дорожить тем, что для Спасения нам дарует Господь».
В этот день по сложившейся традиции все помещения Вологодской духовной семинарии и келии окропили святой водой под пение тропаря праздника.