По традиции духовной школы учебные занятия в этот период отменяются и большая часть времени посвящается молитве в храме.

Страстная седмица – последняя седмица перед Пасхой. Она посвящена воспоминанию последних дней земной жизни Спасителя: Его страданий, крестной смерти и погребения.

Первые три дня этой седмицы посвящены усиленному приготовлению к страстям Христовым. В соответствии с тем, что Иисус Христос перед страданиями все дни проводил в храме, уча народ, Святая Церковь отличает эти дни особенно продолжительным богослужением. Ежедневно в храме утром совершалась Литургия Преждеосвященных Даров, перед которой за часами полностью было прочитано Евангелие от Иоанна. Вечером студенты молились за уставным богослужением.

В четверг Страстной седмицы на богослужении воспоминаются четыре важнейшие евангельских события: Тайная Вечеря, на которой Господь установил новозаветное таинство Святого Причастия (Евхаристии), омовение Господом ног ученикам Своим в знак глубочайшего смирения и любви к ним, молитва Спасителя в саду Гефсиманском и предательство Иуды. В этот день вечерню и Литургию возглавил ректор семинарии митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий в сослужении духовенства кафедрального собора. За Божественной литургией митрополит Игнатий рукоположил диакона Виктора Чебыкина во священники.

День Великого Пятка посвящен воспоминанию осуждения на смерть, крестных страданий и смерти Спасителя. В богослужении этого дня Церковь как бы поставляет нас у подножия Креста Христова и пред нашим благоговейным и трепетным взором изображает спасительные страдания Господа. Накануне вечером владыка Игнатий возглавил утреню с чтением 12 Евангелий Святых Страстей. В саму Великую Пятницу владыка-ректор совершил вечерню с выносом Плащаницы Спасителя и чин Погребения в Воскресенском кафедральном соборе.

В Великую Субботу Церковь вспоминает погребение Иисуса Христа, пребывание Его тела во гробе, сошествие душою во ад для возвещения там победы над смертью и избавления душ, с верою ожидавших Его пришествия, и введение благоразумного разбойника в рай. В этом году Благовещение выпало на Страстную Субботу, поэтому в этот день митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий совершил в главном храме Вологодской духовной семинарии не Литургию святителя Иоанна Златоуста, положенную в праздник даже в дни Великого поста, а Литургию святителя Василия Великого, положенную в Великую Субботу. После чтения Апостола, во время пения «Воскресни, Боже…», архиерей и сослужившее ему духовенство сменили великопостные черные ризы на белые. За Божественной литургией митрополит Игнатий рукоположил диакона Валентина Полуэктова во священники. По окончании богослужения владыка освятил пришедшим на богослужение жителям областной столицы куличи, пасхи и крашеные яйца.

Ежедневно на протяжении этих дней студенты семинарии исполняли клиросные и пономарские послушания, а также обращались к молящимся с проповедью на тему евангельского повествования дня.