18 апреля 2019 года по поручению председателя Синодального отдела по монастырям и монашеству архиепископа Каширского Феогноста комиссия Отдела посетила пустынь.
По итогам визита был составлен рапорт в Синодальный отдел по монастырям и монашеству, на основе которого был рассмотрен вопрос о возможности преобразования Архиерейского подворья в самостоятельный монастырь.

На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви, состоявшемся 30 мая 2019 года в Санкт-Петербурге, было принято решение об открытии мужского монастыря Нило-Сорская пустынь местечка Пустынь Кирилловского района Вологодской области и назначении на должность игумена этого монастыря иеромонаха Евфимия (Ершова).

Подвижники в Вологодских пределах строили свои обители в разных местах. Молитву одних укрепляла радость от красоты Божьего мира, другие черпали силу для покаяния там, где жить не то что трудно - невозможно. Рядом с веселыми, радующими душу пейзажами есть здесь и болота, поросшие непроходимым густым перелеском. Здесь постоянно тучами вьются мошки и комары, здесь лес застит небо, не давая прохода солнечным лучам. Именно в таком месте поселился больше пятисот лет назад великий русский святой, основоположник скитского жития на Руси преподобный Нил Сорский.

Обитель, основанная одним из самых почитаемых старцев на Руси, сторонником нестяжательства, просуществовала до 1927 года. К тому времени здесь уже давно не было скитского жития. В XIX веке усилиями благотворителей обитель обзавелась мощными стенами, в которых разместились кельи, двухэтажным игуменским корпусом, величественным Тихвинским собором, а также надвратной Покровской церковью. Все здания и помещения при советской власти занимали различные предприятия и организации, а с шестидесятых годов прошлого века здесь разместился психоневрологический интернат. Интернат выехал из Пустыни (так до сих называется населенный пункт Кирилловского района) в декабре минувшего года. 

В день памяти преподобного Ферапонта Белозерского, после богослужения в Ферапонтовом монастыре, митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий в Нило-Сорской пустыни совершил чин поставления во игумена древней обители иеромонаха Евфимия (Ершова).

За богослужением молились игумены монастырей Вологодской епархии, монашествующие в священном сане Кирилло-Белозерского монастыря, клирики Вологодской епархии.

За богослужением молилась настоятельница Воскресенского Горицкого женского монастыря игумения Тавифа (Федорова) с сестрами.

- Нило-Сорская пустынь вновь стала монастырем, - сказал в своем слове по завершении чина поставления во игумены глава Вологодской митрополии митрополит Игнатий.
- Теперь предстоит долгая и кропотливая работа братии над собой, работа над зданиями, работа с паствой. Это сложное, но благодатное дело.
Преподобный Нил Сорский был сторонником таких дел, и те здания, что сейчас имеют насельники обители, гораздо комфортабельнее тех условий, в которых начинал свой подвиг на этой земле преподобный Нил Сорский, чьи святые мощи покоятся под спудом в Тихвинском храме.
Я верю, что преподобный Нил, богоносный отец наш, будет руководить жизнью обители и всей округи, а мы будем ему помогать.

Высокопреосвященнейший Игнатий напомнил, что решением Священного Синода 30 мая 2019 года в Вологодской епархии были открыты два монастыря: кроме Нило-Сорской это еще и Заоникиева Богородице-Владимирская пустынь под Вологдой.
"Заседание Синода, - отметил митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий, - состоялось ровно через пять лет после моего назначения на Вологодскую кафедру.
В то время в епархии было 4 действующих монастыря, сегодня в Вологодской митрополии их 11.
Впрочем, успокаиваться рано: на территории области еще много порушенных церквей и обителей, которые предстоит еще возродить и восстановить".

***

Нило-Сорская пустынь, основанная более 500 лет назад, расположена в лесном болотистом месте в 16 км от Кирилло-Белозерского монастыря.

На протяжении этого времени она знала расцвет и упадок духовной и хозяйственной жизни. История монастыря тесно связана с личностью его основателя Нила Сорского (1433–1508), одного из основоположников нестяжательства. Паломничество из стен Кирилло-Белозерского монастыря в Константинополь и на Афон убедило его в преимуществах «скитской» созерцательной жизни.

По возвращении около 1480 года он удалился на речку Сору, где и попытался воплотить свой идеал.

Каменный ансамбль Нило-Сорской пустыни сложился к 1870 году.

Мирная жизнь пустынских монахов закончилась в связи с революционными событиями в стране.
По одному из первых декретов Советской власти монастырская земля и постройки обители перешли в распоряжение местных органов власти.

16 января 1919 года была произведена опись ризницы, храмов и всего движимого и недвижимого имущества.
20 сентября 1924 года Президиум Кирилловского исполкома принял решение о передаче церквей и имущества под охрану милиции волостного исполкома.
Вскоре в Нило-Сорской пустыни была размещена колония Кирилловского уездного исправительного дома.
8 августа 1927 года Президиум Череповецкого губисполкома с согласия Главнауки принял решение о закрытии Нило-Сорского монастыря и передаче его для культурных нужд населению Кирилловского уезда (до 1930 года здесь размещалась колония) в ведение Главнауки; «как исторический памятник» был оставлен Иоанно-Предтеченский скит со всем имуществом.

В настоящее время Нило-Сорская пустынь представляет собой каменный архитектурный ансамбль середины XIX – начала XX вв.
Из монастырских построек сохранились надвратная Покровская церковь, игуменский корпус, перестроенный Тихвинский собор, келейные корпуса, встроенные в стены монастыря.

У юго-восточного угла Тихвинского храма, в котором находилась столовая для пациентов интерната, покоятся мощи преподобного Нила Сорского.

В 2014 году Указом правящего архиерея Вологодской епархии епископа Игнатия было учреждено Архиерейское подворье "Нило-Сорская пустынь".

В декабре 2018 года началось полноценное возрождение Нило-Сорской пустыни, в которой почти 60 лет располагался Пустынский психоневрологический интернат. 

3 декабря 2018 года социальное учреждение закрылось. Последний пациент и весь персонал Пустынского психоневрологического интерната покинули территорию Нило-Сорской пустыни.

7 января 2019 года, в праздник Рождества Христова, в Нило-Сорской пустыни состоялась первая с момента закрытия монастыря в советское время Божественная литургия, которую совершил иеромонах Евфимий (Ершов), назначенный указом митрополита Игнатия настоятелем Архиерейского подворья "Нило-Сорская пустынь".

17 февраля 2019 года в Архиерейском подворье "Нило-Сорская пустынь" Кирилловского района Вологодской области впервые за более чем сто лет совершена Божественная литургия архиерейским чином. Богослужение возглавил митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий.