Заоникиева мужская пустынь была основана на месте явления чудотворной иконы Божией Матери в 1588 году преподобному Иосифу, мощи которого, а также и двух его преемников Антония и Иоанникия, находятся под спудом.
Память их чтится 6 июля (23 июня по старому стилю), в день явления иконы, которая до настоящего времени находится в соборном храме, построенном в 1869-1881 годах.

4 мая 2018 года митрополит Игнатий издал указ об образовании Архиерейского подворья «Заоникиева Богородице-Владимирская мужская пустынь» в д. Лучниково Вологодского района.

10 мая владыка Игнатий и глава Вологодского района Сергей Геннадьевич Жестянников осмотрели бывшие храмы монастыря и сохранившиеся здания, в которых до последнего времени располагалась специальная коррекционная школа-интернат.

Глава Вологодского района принял решение передать комплекс зданий, в которых располагалась Заоникиевская школа Русской Православной Церкви.

Весомых аргументов для принятия такого решения было несколько. 

Здания, где проходили занятия для ребят, требуют проведения ремонтных работ. 
Старая котельная по оценкам специалистов не выдержала бы ещё один отопительный сезон. 
И на территории школы находятся полуразрушенные строения, что совсем небезопасно для детей.

В настоящее время Администрация Вологодского района решила комплекс вопросов по продолжению образовательного процесса в специальной коррекционной школе-интернате на новом месте, на условиях, которые будут способствовать улучшению его качества.

За праздничной Божественной литургией владыке Игнатию сослужили настоятель Архиерейского подворья «Заоникиева Богородице-Владимирская мужская пустынь» иеромонах Никандр (Пилишин), руководитель Службы протокола иерей Алексей Булеков, секретарь главы Вологодской митрополии иеромонах Даниил (Дурягин), братия обители в священном сане.

К престольному дню митрополит Игнатий удостоил благочинного Заоникиевой пустыни иеромонаха Мартиниана (Киселева) права ношения наперсного креста, а иеродиакона Амвросия (Кузьмина) права ношения двойного ораря.

На сугубой ектении прозвучали прошения о единстве Православной Церкви и сохранении Церкви от разделений и расколов.

Во время богослужения были возглашены сугубые прошения о мире на украинской земле и прочитана молитва Господу Вседержителю о мире и прекращении междоусобной вражды.

Песнопения Литургии исполнил хор пустыни, регент А.Оводов.

По окончании богослужения иеромонах Никандр (Пилишин) обратился к владыке Игнатию с приветственным словом, поблагодарив правящего архиерея за совершение Божественной литургии в престольный день обители.

В праздничный день от попечителей обители была подарена икона Божией Матери, именуемая "Заоникиевская-Владимирская".

На память о совершенном богослужении иеромонах Никандр (Пилишин) преподнес в дар владыке монашеский посох.

В исторический праздничный день обители митрополит Игнатий передал в дар икону Иосифа Заоникиевского, написанную к 300-летию преставления преподобного Иосифа, сохраненную в годы лихолетия и отреставрированную к престольному дню пустыни.

Также для Александро-Невского храма владыка передал напрестольное Евангелие.

Комплект подобных напрестольных Евангелий в ходе Предстоятельского визита на Вологодчину 16-17 июня Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл передал в дар Вологодской епархии для новых и восстановленных храмов.

Владыка Игнатий, поздравив присутствующих с престольным праздником, выразил слова благодарности и признательности людям, которые помогают в деле возрождения Заоникиевой пустыни и вручил Архиерейскую грамоту Белоусовой М.Ф.

Владыка Игнатий в своем слове выразил надежду, что в наступающем году Священный Синод и Святейший Патриарх Кирилл рассмотрят вопрос об открытии Заоникиевой Богородице-Владимирской мужской пустыни.

Владыка Игнатий в сопровождении настоятеля Заоникиевой пустыни иеромонаха Никандра (Пилишина) осмотрел котельную в историческом корпусе братских келий, в которой был смонтирован дровяной котел для обогрева жилых помещений насельников обители, и побывал на хоздворе.