Спасо-Всеградский собор на протяжении более 270 лет был главным духовным центром Вологды.
Его сооружение относится к 1654 году.

В вологодских летописях значится, что деревянная Спасская церковь построена гражданами Вологды в царствование Алексея Михайловича, когда город постигло тяжелое моровое поветрие.
Во избавление от моровой язвы по обычаю тех лет за одни сутки (18 октября 1654 года) возвели деревянную церковь Спаса Всемилостивого.
Храм назывался «Всеградским» и «Обыденным», что означало построение церкви всеми жителями Вологды за один день.

В 1858 году в архиве Вологодской консистории был найден документ XVII века, подписанный горожанами – общественный приговор – согласно которому они и их потомки брали на себя обязательство вечно хранить нововозведенный храм Спаса Всемилостивого.

В 1654 году после возведения деревянной Спасской церкви один вологодский иконописец «обыденно» (за один день) написал икону Всемилостивого Спаса.
Она быстро стала не только главной святыней храма, но и всего города.