Софийский Успенский собор является объектом культурного наследия федерального значения (т.е. является собственностью Российской Федерации), поставленного на государственную охрану Постановлением Совета министров РСФСР от 30 августа 1960 года № 1327.
Собор закреплен на праве безвозмездного пользования за Вологодским государственным музеем-заповедником по договору №55 от 15.10.2008 г.