Свято-Духов монастырь, по предсказанию преподобного Галактиона, был основан на месте его подвигов между 1627 и 1632 годами.
Назывался он первоначально - Знаменская Галактионовая пустынь, впоследствии - Свято-Духов монастырь.

В 1654 году на пожертвование царя Алексея Михайловича был выстроен каменный собор в честь Сошествия Святаго Духа на апостолов и теплая каменная Знаменская церковь.

Нетленный гроб святого в 1697 году был обретен Вологодским архиепископом Гавриилом.

В житии преподобномученика Галактиона описано 18 чудес и случаев исцелений по молитвам святого.

По благословению Вологодского архиепископа Маркелла ежегодно совершался городской крестный ход к могиле преподобномученика, в память о чуде прекращения проливных дождей в 1655 году.

С 1775 по 1892 год в Свято-Духов монастырь временно было переведено братство и перевезено имущество древнего Спасо-Каменского монастыря на Кубенском озере.

В Знаменской церкви покоились в это время две святыни – рака преподобномученика Галактиона, а напротив – рака с мощами преподобного Иоасафа Каменского.

К 1867 году в монастыре построили новую двухэтажную Знаменскую церковь, в нижнем этаже которой был освящен престол во имя преподобномученика Галактиона, устроена медная посеребренная рака. На ней пребывала икона святого, рядом висели его вериги, параман, шапка и железная цепь.

Против алтаря Знаменской церкви выстроили каменную часовню над кладезем Галактиона.

До начала 1920-х годов, более пятнадцати лет, монастырь был местопребыванием викариев Вологодской епархии. Последнему его настоятелю – Антонию (Быстрову), епископу Вельскому – было суждено, как и преподобному Галактиону, принять мученическую кончину.

В настоящее время от монастыря практически не осталось никаких следов. Большую часть территории занимает стадион «Динамо», а на месте Знаменской церкви находятся жилые дома.

По благословению митрополита Игнатия на найденном месте погребения преподобномученика Галактиона планируется построить часовню. 

- Монастырь в его дореволюционных границах, конечно, не будет восстановлен, но поруганный храм Святого Духа будет возрожден, как и облагорожено восстановленное место, где покоятся мощи преподобного Галактиона, прославившегося своими аскетическими подвигами.
Небесный покровитель Вологды в 1612 году принял мученическую смерть от польско-литовских оккупантов, приход которых на город он предсказал заранее.
Мы планируем установить в этом месте часовню.
В настоящее время зарегистрировано архиерейское подворье «Спасо-Каменный монастырь». Когда-то до революции Свято-Духов монастырь и обитель на острове Каменном в Кубенском озере составляли единое целое.
Этот храм - духовный символ Вологды. Часть помещений мы уже получили в пользование. Когда получим остальные, приступим к возрождению этого храма в его первозданном виде. Мне кажется, для города, для истории, для развития культуры это просто необходимо сделать. Это центр города. А сейчас там все выглядит как в подворотне...

Из интервью владыки Игнатия газете "Красный Север"

***

Преподобномученик Галактион Вологодский

     В нынешнем году будет отмечаться 406 лет со дня мученической кончины преподобномученика Галактиона Вологодского, напрямую связанная с событиями Смутного времени.

     Преподобный Галактион в святом крещении был назван Гавриилом. Он родился в 1535 году в Москве, по данным историков, в семье или боярина Ивана Вельского или князя Вельского из рода ярославских князей.

     В 1542 году родственники тайно увезли Гавриила из Москвы, поскольку во время малолетства царя Иоанна Грозного среди бояр, правивших государством, начались распри, и власть захватила враждебная Вельским партия во главе с боярами Шуйскими. 7-летний отрок Гавриил оказался в Старице, где некоторое время жил, скрывая свое происхождение. Со временем, по миновании опасности Гавриил мог бы вернуться в родную Москву, занять там соответствующее происхождению высокое положение.

     Но, покинув Старицу, юноша направился в Вологду. Очевидно, жизнь простолюдина вдали от столичной молвы и суеты пришлась ему по душе и более отвечала его характеру. В Вологде тогда уже было множество храмов – более тридцати пяти, были монастыри и подвижники. Гавриил стал учиться сапожному ремеслу, жил в доме у сапожника, в приходе церкви святых Флора и Лавра, трудом приобретая себе пропитание.

     Спустя некоторое время Гавриил женился на простой девушке. В семье родилась дочь, но молодая жена вскоре умерла. Для Гавриила стали ясными скоротечность, непостоянство земного счастья и, воспитав дочь, он решил оставить мирскую жизнь и принять монашество. Неизвестно, в каком монастыре был он пострижен с именем Галактион, неизвестно и время рукоположения в священный сан, но в синодике Софийского собора Галактион записан был иереем.

     Преподобный Галактион испросил у городского начальства небольшой участок земли на речке Содимке (ныне это Золотуха), на окраине города и построил на нем небольшую келью, в которой жил затворником. Он носил на теле тяжелые железные вериги, а во время продолжительной молитвы приковывал себя к потолку цепями, чтобы случайно не лечь и не заснуть, питался сухой пищей и водой, не вкушая никогда рыбы и масла.

     Образ исключительно сурового подвижничества характерен для того времени. Всё имущество подвижника состояло из власяницы, чаши для еды и маленькой рогожи, на которой он стоял в келье. От сурового воздержания изнемогало тело, но укреплялся дух и обретала силу молитва к Богу. Средства, получаемые от труда сапожника, он разделял на три части: одну давал на храмы, другую – нищим, третьей – питался сам. По преданию, Галактион со временем ископал близ кельи колодец и вокруг небольшое озеро, на возникшем островке посадил деревья.

    Житие повествует, что преподобный Галактион никогда не покидал свою келью, кроме двух исключительных случаев. Однажды во время засухи, грозившей голодом жителям Вологды, было предпринято общественное моление о прекращении бедствия. Вологодский архиепископ пришел с духовенством в храм Святой Троицы, находящийся неподалеку от кельи подвижника. По благословению архиерея затворник вопреки своему обету пришел на богослужение в храм и молился вместе с горожанами, а после службы пролился долгожданный дождь. Вологжане восприняли это как милость Божию по молитвам святого Галактиона.

     Высокая жизнь подвижника привлекла к нему особую благодать Божию. Сподобленный дара прозрения, Галактион предвидел разорение Вологды. Движимый любовью и состраданием к людям, он вновь расковал свои цепи и пришел к градоначальникам и народу, умолял их построить близ его кельи обыденно храм в честь иконы Божией Матери «Знамение», дабы Владычица защитила город от грядущего нашествия поляко-литовцев. В свое время, в XI веке при осаде Новгорода неприятелем на стены города вынесли образ Богородицы. Когда одна из стрел попала в лик Пречистой, из глаз Её потекли слезы и Она обратилась ликом к защищавшимся новгородцам, что стало для них знамением о благополучном исходе битвы.

     Святой обратился к вологжанам с проповедью о покаянии и изменении нравов и греховных обычаев. «Укрепитесь в воздержании, молитве и всяком благом деле», – взывал к горожанам затворник. Однако они не вняли предостережению. Один посадский человек Нечай Щелкунов, проживавший неподалёку, упрекнул преподобного в своекорыстии. Он говорил, что старец ради себя «восхоте творити пустынное строение», после его смерти храм запустеет, поэтому строительство принесёт горожанам «тщету и убыток». Мнение его превозмогло, храм не построили, а предсказание святого вскоре сбылось. История доносит бедственность произошедшего разорения Вологды.

     22 сентября 1612 года вражеский отряд, отделившийся от войска гетмана Я. К. Ходакевича, неожиданно подошёл к Вологде. Беспрепятственно прошли враги в большие ворота крепости, открытые по нерадению воевод, и три дня жгли город и посады, разоряли церкви, грабили и убивали жителей, пленили архиепископа Вологодского Сильвестра.

     Впоследствии архиерей сообщил князю Димитрию Пожарскому: «Нынешнего 1612 года, сентября 24 дня, в последнем часу ночи, разорители нашей чистой православной веры, ругатели Креста Христова, поляки, литовцы с черкасами и русскими изменниками нечаянным набегом пришли на Вологду, взяли город, умертвили людей, осквернили церкви Божии, сожгли город и посады... Воевода – князь Иван Одоевский ушел, а окольничий князь Григорий Долгоруков и дьяк Истома Карташев – убиты. Меня, грешного, взяли в плен, держали у себя четыре ночи и не раз присуждали к казни, едва живого отпустили. Когда ляхи и литва пришли к Вологде, то, по грехам нашим, по нерадению воевод, не было ни разъезжих караулов, ни сторожей на башнях. У ворот было несколько человек на карауле, но и те не слыхали, как враги вошли в город, а большие ворота были не заперты... Всё – от пьянства: воеводы пропили Вологду». Увы. Смута и безначалие царили в городе.

     Иноверцы не пощадили и жилища Галактиона, в котором пыталась спастись его дочь. Ворвавшись в келью, они мучили и жестоко избивали затворника, оставив его едва живого. Через два дня, 24 сентября 1612 года, Галактион преставился и был похоронен близ своей кельи.

     Спустя пятнадцать лет над его погребением была сооружена деревянная часовня, при которой жили три старца. На тяжелых железных веригах, которые носил преподобномученик, была сделана надпись: «раб Божий Гавриил, во имя Отца, и Сына, и Святаго Духа обещался еси терпети до конца». Примером своей жизни Галактион подтвердил слова святых отцов: «Терпение даже важнее иногда иных богоугодных дел».

     Впоследствии Вологодский архиепископ Варлаам по прошению жителей Вологды, собиравшихся у могилы преподобномученика Галактиона и видевших бывшие от него чудеса, благословил построить на этом месте деревянный храм в честь иконы Божией Матери «Знамение», написать житие подвижника, а также и «братство составити».

В 1918 году Свято-Духов монастырь был закрыт и передан военному ведомству.

С 1 мая по 15 августа 1918 годав монастыре располагался гараж 23-го авто-броне отряда. К лету 1925 года на месте снесённого при закладке стадиона кладбища, которые комиссары от спорта снесли в спешке из-за участия в футбольном первенстве РСФСР 1924 года и затянувшейся земельной тяжбы с Губмузеем о территории спортплощадки «настоятельно рекомендовали» использовать под спортплощадку — был построен стадион «Динамо». Спорить с уполномоченными власти и партии было бессмысленно.

Почти одновременно с вердиктом комиссии постановлением Вологодского губисполкома были закрыты церковь Сошествия Святого Духа и часовня в Свято-Духовом монастыре. Затем в церкви Сошествия Святого Духа и здании келий монастыря долгое время размещалось областное управление НКВД и КГБ СССР.

Богослужения в Знаменской церкви были запрещены 26 июля 1928 года. С инициативой закрытия храма выступила Х стрелковая дивизия.

Церковь до основания уничтожена в 1930-е годы.
Весь строительный материал, включая кирпичный фундамент и даже бутовые камни, повторно направлен на строительные нужды.