Хотя сведений о первоначальном построении церкви не найдено, с большой долей вероятности ее возникновение можно отнести к XIII – XIV веку. Именно в этот период Устюг принадлежал ростовским князьям, и, по всей видимости, кто-то из них и построил храм в честь своего ростовского угодника.
Деревянный Леонтьевский храм состоял из двух церквей: холодной во имя святого Леонтия, епископа Ростовского, и теплой - во имя святых Флора и Лавра, а также колокольни с 6-ю колоколами.
Храмы были центром пригородного села Леонтьевское, которое в XVII веке вошло в состав посада.
После пожара в 1706 году начинается строительство каменного Леонтьевского храма.
Леонтьевская церковь являлась приходской не только для жителей Леонтьевской слободы, но и прихожан близлежащих деревень: Жилкино, Золотавцево, Микулино и Шатрово.
Все строительство осуществлялось на средства населения города и окрестных сел.
После установления в Великом Устюге Советской власти (1918 год) Леонтьевский храм продолжал действовать. В феврале 1930 года из-за больших налогов служба в храме прекратилась и Леонтьевская церковь была закрыта. После закрытия храма началось разграбление и уничтожение иконостасов, икон, церковной утвари. Позднее местные власти разместили в храме мастерские.
В 2014 году при церкви святителя Леонтия Ростовского была организована община устюжан, заинтересованных в возрождении храма. Создается благотворительный фонд, проводятся мероприятия, акции для сбора средств на благоустройство территории и здания храма. Возобновляется богослужебная деятельность.
Первая Божественная литургия состоялась 10 августа 2017 года.
9 октября 2018 года епископ Великоустюжский и Тотемский Тарасий совершил освящение престола нижнего храма.
На сегодняшний день в нижнем храме регулярно совершаются богослужения. С 2019 года при Леонтьевском храме начала работу приходская воскресная школа для взрослых.
Верхний придел Леонтьевского храма находится в разрушенном состоянии. Небольшой приходской общине не восстановить его своими силами. Приход храма обращается за помощью.
Перечислить средства можно по данным реквизитам:
Расчетный счет: 4070 3810 0002 8000 0330
ИНН: 3526035851
БИК: 041909786
Или по номеру карты: 5469 1200 1263 9174 Тел. +79215307939