22 октября 2015 года на заседании Священного Синода был заслушан рапорт председателя Учебного комитета Русской Православной Церкви архиепископа Верейского Евгения относительно назначения или переназначения ректоров духовных учебных заведений на пятилетний срок полномочий (журнал № 83).

Митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий издал Указ, в котором согласно Решению Священного Синода Русской Православной Церкви от 22.10.2015 г. (журнал № 83) и устава семинарии (раздел 3 п.3.4.2), обязанности Ректора Вологодской духовной семинарии принял на себя. 

Иерей Александр Юшкин назначен на должность Первого проректора Вологодской духовной семинарии на срок полномочий Ректора Вологодской духовной семинарии.

Протоиерей Алексей Сорокин назначен на должности Проректора по катехизаторскому и регентскому отделениям и Духовного наставника Вологодской духовной семинарии на срок полномочий Ректора семинарии.

Чтец Павел Чирихин назначен на должность проректора по учебной работе Вологодской духовной семинарии на срок полномочий Ректора семинарии. 

Иерей Тимофей Левчук назначен исполняющим обязанности проректора по воспитательной работе Вологодской духовной семинарии на срок полномочий Ректора семинарии.

Протоиерей Андрей Исаеев назначен на должность проректора по административно-экономическим вопросам Вологодской духовной семинарии на срок полномочий Ректора семинарии.

Игумен Игнатий (Молчанов) назначен на должность проректора по общим вопросам Вологодской духовной семинарии на срок полномочий Ректора семинарии.

Игумен Игнатий (Молчанов) на основании решения Священного Синода Русской Православной Церкви от 22.10.2015 г. (журнал № 85), освобожден от должности наместника (игумена) Кирилло-Белозерского мужского монастыря г. Кириллова Вологодской области и назначен на должность наместника Спасо-Прилуцкого Димитриева мужского епархиального монастыря города Вологды.